• 第82回特別展「旅をするタネ　〜生命のタイムカプセル〜」　2016年7月16日（土）〜9月19日（日）
  
• 第81回特別展「昆虫たちのメッセージ　〜守り伝えたいふくいの自然環境〜」　2016年3月19日（土）〜5月22日（日）
  
• 第80回特別展「宇宙への旅立ち　−はやぶさ２と宇宙飛行士−」　2015年7月18日（土）〜8月30日（日）
  
• 第79回特別展「むしむし美術館　−神様のデザイン、人々のアート−」　2015年3月21日（土）〜5月17日（日）
  
• 第78回特別展「どうやって決まるの？動物の大きさ−ミジンコからクジラまで−」　2014年7月19日（土）〜9月23日（火・祝）
  
• 第77回特別展「まちなかに残る自然-足羽山-」　2014年3月21日（金）〜5月18日（日）
  
• 第76回特別展「世界の大むしむし展」　2013年7月13日（土）〜9月23日（日）
  
• 第75回特別展「『自然を楽しむ科学の眼』　〜第32回　SSP展〜」　2013年3月23日（土）〜5月26日（日）
  
• 第74回特別展「福井市自然史博物館還暦展　標本（モノ）が語る郷土ふくいの自然の物語」　2012年7月20日（金）〜9月23日（日）
  
• 第73回特別展「還暦記念プレ展　−六十年のあゆみと、とっときコレクション大公開−」　2012年3月17日（土）〜5月13日（日）
  
• 第72回特別展「きら2クリスタル　−水晶とその仲間たち−」　2011年7月16日（土）〜9月4日（日）
  
• 第71回特別展「シーラカンスの謎に迫る」　2011年3月19日（土）〜5月15日（日）
  
• 第70回特別展「川のお魚大集合！福井の淡水ギョッ展」　2010年7月17日（土）〜10月11日（月・祝）
  
• 第69回特別展「足羽山を彩るギフチョウと春の昆虫」　2010年3月20日（土）〜5月23日（日）
  
• 第68回特別展「身近な太古−福井市の化石」　2009年7月18日（土）〜10月12日（月）
  
• 第67回特別展「草木染め〜足羽山の四季彩」　2009年3月20日（土）〜5月31日（日）
  
• 第66回特別展「ふくい大地の物語−地質景観百選−」　2008年7月19日（土）〜10月26日（日）
  
• 第65回特別展「春だ！桜だ！足羽山だ！新展示オープン祭」　2008年3月22日（土）〜5月25日（日）

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