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2021年度夏季企画展「カブクワ大行進！ 〜世界の、福井のカブトムシ・クワガタムシ〜」 | 2021年7月17日（土）〜10月24日（日） |
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春季企画展「足羽三山トリペディア 〜足羽山・八幡山・兎越山の野鳥大百科〜」 | 2021年3月20日（土・祝）〜5月30日（日） |
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夏季企画展「星空アート展」 | 2020年7月25日（土）〜9月27日（日） |
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春季企画展「大地を彩る石 −煌めく鉱物の世界−」 | 2020年3月20日（金・祝）〜6月7日（日） |
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夏季企画展「美しき鳥の羽」 | 2019年7月13日（土）〜9月29日（日） |
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春季企画展「色彩の自然史」 | 2019年3月23日（土）〜6月2日（日） |
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第86回特別展「世界の大むしむし展2 −世界の、福井の昆虫大集合−」 | 2018年7月21日（土）〜9月2日（日） |
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第85回特別展「高浜の化石 −1600万年の時を越えた大地の語り部−」 | 2018年3月17日（土）〜5月20日（日） |
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第84回特別展「夜空を彩るスペーストラベラー −彗星ってどんな星？−」 | 2017年7月15日（土）〜10月1日（日） |
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第83回特別展「蝶と蛾と −とってもステキな自然のデザイン−」 | 2017年3月18日（土）〜5月28日（日） |
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第82回特別展「旅をするタネ 〜生命のタイムカプセル〜」 | 2016年7月11日（土）〜9月19日（月・祝） |
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第81回特別展「昆虫たちのメッセージ 〜守り伝えたいふくいの自然環境〜」 | 2016年3月19日（土）〜5月22日（日） |
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第80回特別展「宇宙への旅立ち −はやぶさ２と宇宙飛行士−」 | 2015年7月18日（土）〜8月30日（日） |
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第79回特別展「むしむし美術館 −神様のデザイン、人々のアート−」 | 2015年3月21日（土）〜5月17日（日） |
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第78回特別展「どうやって決まるの？動物の大きさ−ミジンコからクジラまで−」 | 2014年7月19日（土）〜9月23日（火・祝） |
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第77回特別展「まちなかに残る自然-足羽山-」 | 2014年3月21日（金）〜5月18日（日） |
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第76回特別展「世界の大むしむし展」 | 2013年7月13日（土）〜9月23日（日） |
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第75回特別展「『自然を楽しむ科学の眼』 〜第32回 SSP展〜」 | 2013年3月23日（土）〜5月26日（日） |
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第74回特別展「福井市自然史博物館還暦展 標本（モノ）が語る郷土ふくいの自然の物語」 | 2012年7月20日（金）〜9月23日（日） |
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第73回特別展「還暦記念プレ展 −六十年のあゆみと、とっときコレクション大公開−」 | 2012年3月17日（土）〜5月13日（日） |
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第72回特別展「きら2クリスタル −水晶とその仲間たち−」 | 2011年7月16日（土）〜9月4日（日） |
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第71回特別展「シーラカンスの謎に迫る」 | 2011年3月19日（土）〜5月15日（日） |
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第70回特別展「川のお魚大集合！福井の淡水ギョッ展」 | 2010年7月17日（土）〜10月11日（月・祝） |
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第69回特別展「足羽山を彩るギフチョウと春の昆虫」 | 2010年3月20日（土）〜5月23日（日） |
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第68回特別展「身近な太古−福井市の化石」 | 2009年7月18日（土）〜10月12日（月） |
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第67回特別展「草木染め〜足羽山の四季彩」 | 2009年3月20日（土）〜5月31日（日） |
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第66回特別展「ふくい大地の物語−地質景観百選−」 | 2008年7月19日（土）〜10月26日（日） |
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第65回特別展「春だ！桜だ！足羽山だ！新展示オープン祭」 | 2008年3月22日（土）〜5月25日（日） |
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第64回特別展「樺太・千島 −北の秘境に挑む−」 | 2007年7月14日（土）〜9月24日（月・休） |
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第63回特別展「お宝標本大公開！」 | 2007年3月24日（土）〜5月27日（日） |
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第62回特別展「永遠に輝く金の魅力−Go!Go!ゴールド in 福井」 | 2006年7月21日（金）〜8月31日（木） |
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第61回特別展「越前の海、こよなく愛す−鈴間愛作貝類コレクション展」 | 2006年3月21日（火・祝）〜5月28日（日） |
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第60回特別展「越前おろしそばの自然史」 | 2005年8月6日（土）〜11月20日（日） |
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第59回特別展「福井発：生きものたちのSOS〜消えゆくふるさとの動植物〜」 | 2005年3月20日（土）〜5月29日（日） |
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第58回特別展「どうぶつたちのプロポーズ大作戦！！」 | 2004年7月21日（水）〜9月26日（日） |
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第57回特別展「2004年収蔵資料展」 | 2004年3月20日（土）〜5月30日（日） |
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第56回特別展「今年の夏は火星に大接近！」 | 2003年7月20日（日）〜9月28日（日） |
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第55回特別展「2003年収蔵資料展」 | 2003年3月25日（火）〜6月1日（日） |
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第54回特別展「50周年企画展 たずねてみよさ！福井の自然５０年」 | 2002年7月23日（火）〜9月29日（日） |
